Personalized disease network analysis for precision oncology
Descriere
Medicina de precise e centrata pe obiectivul de a integra datele (genetice si clinice) unui pacient cu cunostinte despre mecanismele biologice ale bolii, pentru a identifica propriile sale mecanisme de activare, si bazat pe ele, strategii terapeutice optime pentru cazul sau. Datele genomice ale unui pacient pot fi integrate intr-o retea de interactiuni specifice bolii si pacientului, descriind configuratia indivduala a bolii sale. Modelarea computationala in medicina de precizie, in particular analiza de retele, este adecvata identificarii a noi terapii combinatoriale. Proiectul nostru se concentreaza pe problema controlului unei retele dinamice. Problema generala la care lucram este aceea a unei retele in care cautam controlul asupra unei multimi de tinte, in sensul in care atingem abilitatea sa le schimbam configuratia printr-o serie de interventii externe intr-o serie de noduri de intrare in retea, ajutandu-ne de topologia retelei. Suntem interesati sa gasim o multime minimala de noduri de intrare in retea asa incat configuratia tintelor poate fi schimbata printr-o serie de semnale aplicate nodurilor de intrare, transmise in cascada prin retea. Ne concentram pe formalizarea problemei controlabilitatii care maximizeaza aplicabilitatea acestei metode in medicina. Nodurile tinte pe care ni le alegem sunt gene esentiale pentru supravietuirea celulelor canceroase, iar nodurile de intrare sunt gene pe care actioneaza medicamente oncologice aprobate pentru tratament. Vom testa aplicabilitatea acestor metode in contextul medical prin doua studii de caz: glioblastoma si mieloma multipla.